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在臨床中，確診肝癌主要是判斷腫瘤的良性和惡性，這種情況一般是通過超聲引導下做腫瘤穿刺活檢，也就是說使用穿刺針在超聲定位引導下直接穿刺到腫瘤部位，取一小段的標本進行病理學檢查，來明確細胞類型，同時進行相關的免疫組化檢查，來判斷具體的治療方法。
在臨床中，大部分病人往往沒有必要進行穿刺活檢，因為肝癌通過臨床抽血和影像學就可以基本診斷為肝癌，一般通過手術的方法就能達到治療的目的，大部分病人沒有必要進行穿刺活檢，一般認為除了要制定特殊的診療方案，或臨床無法確診的時候，才可以考慮進行穿刺活檢。