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皰疹病毒感染之后一般很難根除，即使應用了抗病毒藥物治療，患者的臨床癥狀、體征、實驗室檢查可以恢復到正常，但病毒一般情況下不會根除，而是長期潛伏。有些病毒潛伏在淋巴細胞內(nèi)，比如EB病毒、巨細胞病毒，也有些病毒潛伏在神經(jīng)根或者神經(jīng)節(jié)，比如單純皰疹病毒、水痘-帶狀皰疹病毒，將來免疫功能低下時這些病毒可以再次被激活引起感染，比如兒童時期感染了水痘病毒，成年人如果免疫功能低下，再次被激活時，可以引起帶狀皰疹。
另外，EB病毒、巨細胞病毒在免疫功能低下的人群身上被激活之后，可以引起慢性活動性EB病毒感染，也可以引起巨細胞病毒感染。艾滋病病毒本身感染之后，可以導致嚴重的免疫功能低下，繼發(fā)感染各類的皰疹類病毒，表現(xiàn)為局部感染，也可以表現(xiàn)為全身各個系統(tǒng)受累。此外，對于長期應用免疫制劑、進行過器官移植或者放化療的患者，免疫功能低下都有可能會激活皰疹類病毒而引起感染。