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化膿性腦炎一般的療程的大約是在7-14天能好，對化膿性腦炎的預后和致病菌以及病人身體狀況，還有早期是否進行有效的抗生素治療都有直接的相關(guān)性。臨床上以肺炎球菌導致的化膿性腦炎比較多，可以給予病人抗生素治療之后，大約10-14天病人的癥狀就可以得到明顯的減輕。

革蘭氏陰性桿菌導致的化膿性腦炎，病人的病程略為長些，大約會在3周左右。對于化膿性腦炎盡管抗生素的研制已經(jīng)有很大進步，但是臨床上仍有部分化膿性腦炎的患者會出現(xiàn)生命危險，也有部分化膿性腦炎腦膜炎的病人會留有神經(jīng)功能缺損的癥狀。