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自閉癥的病因目前還不明確，通過臨床觀察可能與以下的因素有關：
1、遺傳因素，遺傳因素對孤獨癥的作用已趨于明確，但是具體的遺傳方式還不是特別明了；
2、圍生期因素，圍生期有各種并發(fā)癥，比如產(chǎn)傷、宮內(nèi)窒息等；
3、免疫系統(tǒng)異常，T淋巴細胞數(shù)量減少，輔助T細胞和B細胞數(shù)量減少，抑制誘導T細胞缺乏，自然殺傷細胞活性減低等；
4、神經(jīng)內(nèi)分泌和神經(jīng)遞質(zhì)與多種神經(jīng)內(nèi)分泌和神經(jīng)遞質(zhì)的功能失調(diào)有關。研究發(fā)現(xiàn)，孤獨癥患者的單胺系統(tǒng)，如五羥色胺和兒茶酚胺發(fā)育不成熟，松果體、丘腦下部、垂體、腎上腺軸異常，導致5-HT、內(nèi)啡肽增加，促腎上腺素激素分泌減少。